Farklı siteler farklı klosorlerde olduğu için her klosorde farklı htaccess dosyası kullanabilirsin.
Hocam farklı değil tüm domainler tek php yazılımından yönetiliyor.
ZN Framework kullanıyorum. Tek bir framework ile sınırsız site (proje) yönetimi sağlıyor.