slow-queries-log aktif ettikten sonra belli bir süre bekleyin. Hangi sorgular çok uzun sürüyor ve işlemciyi yoruyor. Bunları tespit ederseniz, çözüm için yazılımınızda gerekli değişiklikleri yapmanız daha kolay olur. PHP tarafında cURL ve foreach işlemciyi yoruyor olabilir, bekleme süresinde de mysql şiştiği için problem mysql'den kaynaklı görünüyor olabilir ancak bu söylemlerim tamamen varsayım. PHP tarafında sorgunuzu optimize edeceğiniz şeyler varsa değerlendirmeniz daha sağlıklı bir çözüm olacaktır diye düşünüyorum.