Cron çalıştığında cpu şişiyor hatta VPS kapanıyor 3-4 saat kapalı kalıyor KVM'den bakıyorum boot ekranında kalmış bir hata yazıyor vs. Sizce mysqld sunucunun komple kapanmasına yol açar mı 3-4 saat boyunca yoksa VPS'de bir sorun mu var ?
Eğer 0 istekte bu durumdaysa bir şeyler ters gidiyordur, VPS olduğundan sunucu firmanız makinenizi kapatabilir o yüzden bence hatayı bulun ve düzeltin hocam.
Ayrıca optimizasyon yapmadıysanız/yanlış yaptıysanız-yaptırdıysanız bu sebep oluyor olabilir veya bir sorgunuz döngüye giriyordur.