Sorunu bugün çözdüm. Çözüm olarak şu yöntemi kullandım :

Cyberpanel'den Web Sitesi yedeğini alıp siteyi sildim.
Sonra Phpmyadmin dahil her yeden domain kalıntılarını sildim. Cyberpanel'den siteyi silsekte ana dizinde bazı klasör ve dosyalarda site kalıntıları kalıyor. Bunların tamamen temizledim.
Sonra sunucuyu yeniden başlatıp domaini ekleyip siteyi tekrar kurdum.
49 saat bekledikten sonra sslforfree.com adresinde free ssl alıp manuel olarak kurdum.

Şimdilik sorunum çözüldü, teşekkürler