Merhaba,

Paylaşımlı hostinglerde cloudlinux limitlerinden dolayı sorunlar olabiliyor bu yüzden ağır çalışıyor, örneğin çok düşük IO değeri de buna sebep verir. Bu yüzden bir sanal sunucuya geçmenizi öneririm Redis veya memcached ile de güzel bir performans alabilirsiniz SQL Sorgularını cacheleyip yükü hafifleterek.