Biraz daha fazla ram yer ama çokta fark etmez. Yinede panelsiz kullanmak daha iyi tabi.
Certbot ile yaptığınız SSL Cloudflare dns hizmetini kullanıp doğrulama yazıyor ve sunucuya SSL kurmuş oluyor. Cloudflare kısmındaki edge certificate Cloudflare tarafından imzalanmış sadece Cloudflare'in güvendiği SSL. Bunu sunucunuza kurup self-signed ssl gibi kullanabilirsiniz. Cloudflare bağlantı yaptığında güvenir. Bu şekilde SSL bölümündeki full seçeneğini kullanabilirsiniz.
Kısaca anlatmak gerekirse eğer Cloudflare i sadece dns olarak değilde cdn olarak kullanacaksanız certbot ile işiniz yok. edge certificate oluşturup sunucuya yükleyebilir veya flexible olarak kullanabilirsiniz.
Eğer sadece dns olarak kullanacaksanız sadece certbot kısmını yapmanız yeterli.