CSS dosyasında media rule kullanarak yapabilirsin

@media print {
.gizlenecekler{display:none}
}

Yazdırma esnasında gizlenecek olanları Class geçerek gizlersin.
Media print rule yazdırma anında geçerli olacak CSS kurallarını belirler.

Yada bi buton ekleyerek PDF i iframe ile çektiysen butona tanımlayacağın bir fonksiyon ile sadece iframe'in içini yazdırırsın.

Onun içinde

var iframeX = document.getElementById('iframe-idsi');
iframeX.contentWindow.focus()
iframeX.contentWindow.print();