Kaynak yetersizliği(ram, işlemci, hat veya bilgisayarınızdaki bu kaynaklar) açısından sorun yaşıyor olmalısınız.
Tüm dosyaları .zip arşivi yapıp aktarırsanız ve sunucuda çıkarırsanız en kayıpsız şekilde aktarabilirsiniz, SFTP de kullanabilirsiniz.