TheKhan arkadaşımız yaptıkları ve önerileri çoğu projede işe yarar nitelikte fakat mysql in php den en az x10 daha hızlı çalışabileceğini unutmamakla birlikte php dahil tüm dillerdeki genel yavaşlık problemleri veritabanı kullanım şekli ve querylerinden kaynaklıdır.
phpmyadmin query süresi ile php tarafında query süresi arasında ortalama %10 gibi fark kabul edilebilir düzeyde olur, farkın daha yüksek olması genelde kullanılan php sql driverı ve konfigürasyon alakalı olabiliyor.
aslına bakarsanız şu yaparsanız yavaş şunu yaparsanız hızlı olur diye genel geçer bir şey yok, projeye göre farklılık gösteriyor.
TheKhan'nın dedği gibi subquerylerden kaçınmak size yarar sağlayabilir, öncesine veritabanı diagramınızı ve indexlerizi, querylerinize ve amacınıza uygun olarak yapmanız gerekiyor, explain ile sql sorgunuzun hangi indexleri kullandığını görebilirsiniz bu sonuçlara göre de 1 saniye süren queryiniz 0.001 saniyeye düşürebilirsiniz, fakat bu da full-text search de pek işe yaramaz.
sonuç olarak her durumuna uygun farklı çözümler, fikirler olabiliyor. genel bağlamda TheKhan'ın önerilerine %99.9 katılıyorum.