WooCommerce, Opencart ve Magento kullanmış ve geliştirme yapmış birisi olarak;
WooCommerce: Bence en basit stabil sistemdir. Kullanımı kolay, yazılımcıları çoktur. Çoğu eklentileri ücretsizdir. Her zaman güncelleme alır ve açıkları kapatılır. Güzel bir optimizasyon ve cache ile çok seri çalışır.
Opencart: Tam anlamıyla E-Ticaret sistemidir. Ama eklentileri ve temalarının çoğu ücretlidir. Yazılımcıları yine çoktur ama eklenti geliştirmesi vs. daha zordur.
Magento: Hiç bulaşmayın derim. Ufacık bir yeri değiştirmek için bile build alınan çok karışık bir sistem. Kolay kolay yazılımcısını bulamazsınız. Bulsanız bile çok yüksek paralara çalışırlar. Bildiğim kadarıyla tüm eklentiler ücretli ve kurulumları oldukça zor.

Benim sıralamam; WooCommerce > Opencart > .... > Magento