Bu işlemin bir kaç farklı versiyonları vardır.
Şu şekilde anlatabilirim.

1. Domain lisansı + ioncube
Sitenin ana fonksiyonlarının olduğu ana bir dosyanız olsun. Örneğin fonksiyonlar.php, bu dosyada domain kontrolü yapın ve dosyayı ioncube işe şifreleyin.
Domain kontrolünüde isterseniz ana dizinde ki bir txt dosyasından çektiğiniz şifreli bir kod ile yapabilirsiniz.

2. Uzak domain kontrolü + ioncube
1.madde de olduğu gibi fonksiyonlar.php içerisinde domain kontrolü veya key kontrolü yapacaksınız. Burada bir benzersiz key oluşturacaksınız domaine göre. Şifreli olacak. BU kodu kendi sitenizde belirlediğiniz bir alana istek yaptırarak çalışmasını sağlayacaksınız. oluşan kod ile sizin o siteye tanımladığın kod aynı ise site açılacak değilse echo "İzinsiz kullanım. Lisans talep edin " ve tüm sayfa ioncube şifrelenir. Bu sistemin dezavantjı ise sizin site kapanırsa müşteri siteleride kapanır.

Yönetim paneline girmek ise basit. Açık kapı bırakacaksınız. Onu düşünürseniz çözersiniz. Legal olduğunu düşünmediğim için anlatmak istemiyorum

Yönetim panelininde sizin sitenizden çalışıp veritabanını müşteri hostundan çekmesi için mysql dışa açık olması lazım. Bu olayda paylaşımlı hostlarda stabil değil.Patlarsınız sürekli.