Bu sorunun onlarca sebebi olabilir ama en çok karşılaşılan problemden bahsedeyim.
Veri fazlalaştıkça optimize edilmeyen SQL sorguları neticesinde yavaşlık meydana gelir, her an daha da yavaşlar. SQL sorgularını optimize ederek bu problemden kurtulabilirsiniz.
Kesin problem tespiti veya çözümü için bir uzmana başvurmanızı tavsiye ederim. Acil bir iş değil ve önem derecesi düşükse, ayrıca php biliyorsanız kendiniz araştırabilir ve öğrenebilirsiniz.