JSON_CONTAINS daha uygun gibi duruyor, çünkü alt arrayleriniz var, gözümden kaçmış. json alan içerisinde belirttiğiniz fieldda belirttiğiniz değer yer alıyorsa 1 döner.
teşekkürler şöyle kullanınca sorun çözüldü
SELECT * FROM `users` WHERE JSON_CONTAINS(json_veri, '{"a": ["1","3"]}')