index.php içine include edilen dosyalar varsa önce bunları kaldırmam gerekiyor. yada komple dosyaları çekebilirsin. Ayrıca filezilla üzerinde göster/düzenle diyerek dosyayı notepad++ üzerinde açıp kaydettiğin zaman otomatik yükleyebilirsin.
http://prntscr.com/10q98gg
Hocam Filezilla da göster/düzenle deyince aşağıdaki hatayı alıyorum. İlişkilendirilmiş bir program yok diyor, ama zaten varsayılan programlarda .php uzantısı visual studio code'ye kayıtlı.