index.php içine include edilen dosyalar varsa önce bunları kaldırmam gerekiyor. yada komple dosyaları çekebilirsin. Ayrıca filezilla üzerinde göster/düzenle diyerek dosyayı notepad++ üzerinde açıp kaydettiğin zaman otomatik yükleyebilirsin.

http://prntscr.com/10q98gg