Merhabalar,
htaccess çalıştığından eminseniz.

RewriteEngine On Bunun başta olduğunu varsayıyorum.

RewriteRule ^system.js$ /_core/Minifier/js.php [L] bunun yerine RewriteRule ^system.js$ _core/Minifier/js.php [L]
ErrorDocument 404 /404.php bunun yerine ErrorDocument 404 404.php bu şekilde dener misiniz?