Bu durumda da aynı sorun yaşanıyor. Aynı DC'de Web ve DB iki farklı VPS açıp, haberleşmeyi iç network IP'den versek dahi, bu sorun yaşanıyor. (DB ve APP farklı makinelerde çalışıyor olmalı).
bu şartlarda stabil çalışmıyorsa hatayı başka yerde arayabilirsiniz, mysql tablolarınız MYISAM mı İnnoDB mi ?
MYISAM ise innodb ye çevirebilirsiniz, ek olarak süreyi 1 sn olarak yükseltip deneyebilirsiniz.
Benim tahminim db myisam ise işlemi bitirmeden yeni istek gidiyor olabilir oda büyük ihtimalle eski veriyi geri yaziyor olabilir.
Tamamen tahmin, yazdıklarım çok başka sorunlarda olabilir. mysql timeout süresi kısaltılabilir işlem mi takılı kalıyor anlayabilmeniz için veya phpmyadmin den işlemler sekmesinden izleyebilirsiniz işlemleri..
kolay gelsin.