aynı veri merkezinden iki sunucu şeklinde(mysql - web server) çalışırsanız muhtemelen sorununuz çözülür.
Bu durumda da aynı sorun yaşanıyor. Aynı DC'de Web ve DB iki farklı VPS açıp, haberleşmeyi iç network IP'den versek dahi, bu sorun yaşanıyor. (DB ve APP farklı makinelerde çalışıyor olmalı).