rel cononical etiketini tema kendisi ekliyor olabilir. Seo eklentisi de ekleyince 2 tane olmuş oluyor olabilir. header.php yi kontrol edebilirsin.

a etiketindeki hata tüm sayfalarda değilse, ilgili sayfadaki yazıda yanlış eklenmiş olabilir. Yazıyı düzenle deyip bakabilirsin.