Çerezler ile de yapılır, ancak ben Local Storage ile yapmayı tavsiye ederim.

var themes = {
    "default": "css/main.css",
    "cerulean": "css/main2.css",
}
  
//switches
$(function() {
    var themesheet = $('<link href="' + themes[localStorage.getItem('theme') ? localStorage.getItem('theme') : 'default'] + '" rel="stylesheet" />');
    themesheet.appendTo('head');
    $('.theme-link').click(function() {
        var themeurl = themes[$(this).attr('data-theme')];
        themesheet.attr('href', themeurl);
        localStora.setItem('theme', $(this).attr('data-theme'));
    });
});

Dip not: Kodu denemedim, siz bakın hata varsa düzelteyim.