RewriteCond sadece 1 altındaki RewriteRule satırına etki eder. altındaki kaç etki etmesini istiyorsanız [S=...] 3 noktanın olduğu yere satır sayısını girmelisiniz. gördüğüm dosyada 4 kural olduğu için [S=4] yazdım

RewriteEngine On
DirectoryIndex index.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule  .?  -  [S=4]
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
RewriteRule ^([a-z]+)/?$ $1.php [NC]
RewriteRule ^app$ app/index.php [L,QSA]
RewriteRule ^([^/]*)$ /pages/detail.php?pages_url=$1 [L]

Kaynak: https://stackoverflow.com/questions/...52074#13952074