301 yönlendirme'de site.com direkt taşınmıyor mu? Ama dediğim şey farklı hocam. site2.com/kategori/konuadi.html gibi bir google indexine tıkladığınızda bu sizi site.com anasayfasına yönlendiriyor. Yani site.com ile aynı url yapısına değil.
301 ile domaini değil url yide yönlendirebilirsiniz. 301 yönlendirme yapılması index almamasına sebebiyet vermez. İndex alır, tıklandığında site açılır ve 301 yönlendirilmesi gerçekleşir.