Google ve Yandex javascript yükleyerek sayıyorlar.
Bazı tarayıcıların güvenlik ayarları ya da adblocker gibi izleme sistemlerini bloke eden pluginler analytics ya da metrica javascript dosyalarını yüklemezler.
O zaman da reklam engelleyici veya gizlilik pluginleri kullanan kullanıcıları anaytics ya da metrica sayamaz.
O yüzden doğru olan senin kendi php sisteminin yaptığı sayımdır.
Ama reklam gösteremediğin ziyaretçiyi saysan ne olur saymasan ne olur.