MySQL portunu uzak erişime kapatıp sadece bağlantı yapacak iplere izin vermenizi öneririm. Mysql üzerinde doğrudan bunu engelleyecek bir yapı yok, ancak fail2ban vb. ile yapılandırıp engellemeniz gerekir.

Layer7 bağlantı olduğu için bunu servis sağlayıcınız engellemeyecektir.