Controller dosyana direkt erişmen kurulan structuredan dolayı zor olabilir, yapısal değişiklik yapman gerekir muhtemelen. Cron ile tetiklenecek bir işin varsa, zaten bu direkt olarak controller içerisinde olmamalı. Bunu başka bir class'a ayır (örneğin MyService) ve hem controller için hem de hazırlayacağın cron scripti için bu servisi kullan.

Ayrıca, bu tarz yapılarla böyle sıkıntıları her zaman yaşayabilirsin ve çözüm konusunda da gereksiz efor sarfetmen gerekir. Laravel, Symfony gibi frameworkleri veya Lumen, Slim gibi micro-frameworkleri kullanmanı/öğrenmeni tavsiye ederim. Yol yakından dönmek en iyisi.