root ile giriş yapın hocam /var/www/vhosts/ yollarına gelerek kayıtlı olan domain'leri görebilirsiniz. örnek siteadi.com klasörüne girdiğinizde htdocs klasörüne girin dosyaları fln upload/download/delete vb yapabilirsiniz.
Root tan kastınız SSH bağlantısı yaptığımız bilgiler mi? FTP üzerinden o root bilgileri ile giriş yapamıyorum hatırladığım kadarı ile beni genel bir FTP oluşturup onunla işlem yapmam gerekiyordu ama bir türlü root erişime sahip bir FTP elde edemedim.