Selamlar hocam,
PHP kodunu şu şekilde değiştirip denermisin

<?php
$depkodu = $_POST["depkodu"];
$depadi = $_POST["depadi"];
$depid = $_POST["id"];
if(isset($_POST['depguncelle'])){
  $idsor = $db->query("SELECT * from ils_departments");
  $idsor->execute();
  $idsorcikti =$idsor->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
 
  print_r($idsorcikti);
  $update = $db->prepare("UPDATE ils_departments set departmankodu = '$depkodu', departmanadi = '$depadi' WHERE RecId=$depid");
 $update->execute();
}
?>