Gd kütüphanesi aktif ise aşağıdaki kodu istediğin gibi editleyerek yapabilirsin. Kod alintidir test etmedim.

<?php

header('content-type: image/jpeg');

$dosya = 'resim.jpg';
$logo = 'logo.png';

$mevcut_resim = imagecreatefromjpeg($dosya);
$eklenen_resim = imagecreatefrompng($logo);
list($genislik, $yukseklik) = getimagesize($logo);

$sag = imagesx($mevcut_resim) - $genislik;
$sol = imagesy($mevcut_resim) - $yukseklik;

imagecopy($mevcut_resim, $eklenen_resim, $sag, $sol, 0, 0, $genislik, $yukseklik);
//imagecopymerge($mevcut_resim, $eklenen_resim, $sag, $sol, 0, 0, $genislik, $yukseklik, 50);

imagejpeg($mevcut_resim);

?>