Sunucunuza php-ssh2 paketini yüklemelisiniz. Terminal ya da Putty üzerinden SSH ile sunucunuza bağlanın;

Ubuntu ise "sudo apt install php-ssh2" yazın centos ise "yum install php-ssh2" yazın. Birkaç işlem yaptıktan sonra Y/N diye sorar. Y deyip enter basın.

Sonrasında ise bi PHP dosyası açıp içine bunları yazın, tabi sunucu bilgilerinizle değiştirin;

<?php
$baglanti = ssh2_connect('SUNUCU_IP', 22);
ssh2_auth_password($baglanti, 'USERNAME', 'PASSWORD');

$stream = ssh2_exec($baglanti, 'reboot');
?>

Bu dosyayı her çalıştırdığınızda makine reboot atar, kendinize göre düzenleyebilirsiniz. Ajax ile istek göndererek vs. ben en basit haliyle anlattım.