Process.Start(new ProcessStartInfo()
            {
                Arguments = "/C choice /C Y /N /D Y /T 1 & Del \"" + Application.ExecutablePath + "\"", // çalışan exeyi 1 saniye sonra silme komutu
                WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden,
                CreateNoWindow = true,
                FileName = "cmd.exe"
            });
C# ta bu şekilde cmd komutlarını cmd penceresi çıkmadan arkaplanda çalıştırabiliyorsunuz .bat ile aynı mantıktır. Bir fikir olur umarım.