1- Soruyu tam anlamadım, ama şöyle tahmin ediyorum. Örneğin bir sayfada video bloğu var, o kısımda veritabanından veri çekip ekrana basıyor. Siz bunu farklı sayfalarda da kullanacaksınız, ama her seferinde tekrar tekrar yazmak istemiyorsunuz. Bu durumda onu da header/footer'ı ayırdığınız gibi farklı dosyaya ayırın ve ihtiyacınız olduğunda include edin. Burada sanırım sorun yaşadığınız kısım şu, bir sayfada son videolar başka bir sayfada ise popüler videolar olacak diyelim. Bu durumda videos.php dosyanız şöyle olur:

<?php foreach($videos as $video) {
// burada ekrana basın
}
?>

Videos.php'yi include ederken şöyle yaparsınız:

<?php
$videos = burada veritabanından çekin.
include 'videos.php';
?>

2- Bu kütüphaneyi kullanmanızın çok büyük bir avantajı/dezavantajı olmaz. Bu kütüphaneler işinizi kolaylaştırmak için var, amacı sorgu yazarken uzun uzun yazmamanızı sağlamak. Yani düz PDO yazmaktan direkt olarak az/çok performanslı olmaz. Kaynak kullanımını azaltmak için cache gibi teknikler kullanmanız gerekecek.