O aklıma geldi evet ama son satıra nasıl ulaşacağımı bilemedim.
tek istediğiniz sonda kalan boş satırı silmekse hiç saydırmakla da uğraşmanıza gerek yok aslında
file_put_contents($txtyolu, trim(file_get_contents($txtyolu)));
bu kod işinizi görür en sonda boş duran satırı siler