// önce dosya içeriği değişkene atanır.
$data = file_get_contents('deneme.txt');
// rtrim ile değişkenin sağ tarafına kırpma uygulanır. PHP_EOL => yeni satır demek.
$data = rtrim($data, PHP_EOL);
// dosya içeriği kaydedilir.
file_put_contents('deneme.txt', $data);