Hocam bu değerler hiç normal değiller. Özel bir yazılım mı kullanmaktasınız ? Eğer özel bir yazılım kullanıyorsanız, yazılımsal bir hata olabilir. Çok fazla sorgu çalıştırıyor ve mysql, php'yi yüksek trafikte büyük bir çıkmaza sokuyor olabilir. Wordpress vb. hazır cms sistemleri kullanıyorsanız kullandığınız tema, eklenti, eklenen ekstra kod vb. kısımlarda sorun olabilir.
Hocam temadan kaynaklı olduğunu düşünüyordum ama siteye boş index.html atıp, themes dosya ismini değiştirdikten sonra php-fpm kaynak kullanımı halen çok yüksek.