MYSQL eskide kaldı artık yeni sistemler de kullanılmıyor, güvenlik önlemlerini alırsan kolay kolay sıkıntı yaşamazsın ama PDO ya geçmen daha iyi olacaktır. MYSQLI de kullanabilirsin. MYSQLI'nin avantajı hem düz queryler yazılabiliyor hem de nesne tabanlı yazılabiliyor. Hangisi kolayına gelirse o şekilde yazarsın.