Opencart deneyimlerime göre maalesef biraz ilkel bir yazılım olduğunu düşünüyorum. Dediğiniz gibi dikkatli kullanılmadığı takdirde SEO eklentisi yarar yerine zarar bile verebilir.
Ancak self link durumunu buna bağlamak doğru değil. Google'ın kendi SEO kuralları arasında "self link" ve "duplicated content" önemli bir tutuyor. SEO eklentisini özellikle link için ve geri kalan bir çok SEO işini kendiniz manuel olarak yapmanızı tavsiye ederim.