Yavaşlığın nereden kaynaklandığını bilmeden bu sorunuzu cevaplamak çok doğru değil.
- Mysql sunucusu ne kadar kaynak tüketiyor?
- Bir bağlantıda kaç bayt veri taşınıyor?
- Tablolarınızın index durumları nedir?
- Yazılım ile mysql arasında bağlantı yavaşlığı olabilir mi? Mysql client ile sorgulamayı ve benchmark yapmayı denediniz mi?
- Slow query loglarına baktınız mı?
- Mysql query analyzer kullandınız mı?

Sorguların yavaşlığının bir çok sebebi vardır. Elimizde tablo/sorgu vb gibi bilgiler olmadan soyut bilgi vermek doğru değil.