Gelen veriyi parçalayın timeout süre zarfında optimum ne kadar veri izleyebilirsiniz o kadar veri işleyin işlediğiniz son veriyi bir dosya olarak kaydettin, cron tekrar çalıştığında son işlediğiniz veriden başlasın işlemeye böylelikle jQuery kullanmanıza da gerek kalmaz timeout düşmeden verileri işlemiş olursunuz
aynen mantıklı bir txt dosyasına kaydediyim 10 ar 10 ar işlesin limite ulaşınca başa dönsün bu olabilir bak teşekkür ederim