Gelen veriyi parçalayın timeout süre zarfında optimum ne kadar veri izleyebilirsiniz o kadar veri işleyin işlediğiniz son veriyi bir dosya olarak kaydettin, cron tekrar çalıştığında son işlediğiniz veriden başlasın işlemeye böylelikle jQuery kullanmanıza da gerek kalmaz timeout düşmeden verileri işlemiş olursunuz