Javascript ile kullandığın pop-up lara farklı trigger ekleyebilirsin.
1.cisi click ile açılır. bu pop-up açıldığında sessionStorage'e bir değer atarsın. (tekrar sayfaya geldiğinde pop-up yine çıksın diye.)
2. pop-up açılırken bu değeri kontrol eder ve yine settimeout fonksiyonuna girebilir.
1 kere açılan birdaha açılmasın diyorsan da cookie'de yine bir değer atıp tüm pop-uplarda bunu kontrol edebilirsin.