Merhaba hocam,

Eğer jQuery kullanıyorsa scroll eventini yakalayıp body nin top değerini alabilirsin. Top değeri belirli yüksekliklere geldiğinde header alanına sınıf ataması yaparak istediğin rengi verebilirsin. Örn; kullanıcı sayfayı aşağı doğru kaydırdığında body top değeri 100 e eşitse red isimli sınıfı atayabilirsin. CSS de red isimli sınıfı oluşturup background-color değerini red olarak verdiğin zaman istediğin olacaktır.