ssh connect ile bağlanmanız daha sağlıklı olacaktır düşüncesindeyim, piyasada bulunan açık kaynak panelleri inceleyebilirsiniz. Örneğin aşağıda vestacp panelin linkini bıraktım. Çoğu işlemini shell_exec ile yapıyor.

https://github.com/serghey-rodin/vesta