Yazmış olduğun kod üzerinde bir eksik yok sen sadece dosya yapısını istediğin yere kaydetmek istiyorsun. Onu da en pratik olarak

$folder = dirname(__FILE__); //dirname(__FILE__) fonksiyonu çalıştırıldığı dosyasının bulunduğu dizini alır.
if(!is_dir($folder . DIRECTORY_SEPARATOR . "klasor1")){
 $folder = $folder . DIRECTORY_SEPARATOR . "klasor1";
 mkdir($folder);
$kaydet = file_put_contents($folder . DIRECTORY_SEPARATOR . $newName.'.jpg', $uzakdosya);
}

şekildeni komutu kendine göre düzenleyerek istediğin yere kayıt edebilirsin.

DIRECTORY_SEPARATOR özelliğini kullanmanı tavsiye ederim. Linux/Unix sistemler / ile ayırır Windows Sistemlerde ile ayırır sorun yaşamazsın.