<head> ile </head> kısmını kastediyorsan alakası yoktur. Yazılımla otomatik link kodlarına rel="nofollow" ekliyorlar. O sitelerde kodları dofollow'a çevirmek için pek yapabileceğin bir şey yok ancak bazen nofollow backlink de almak gerekir dengeyi sağlamak, doğal göstermek için. Öyle düşün. Çöp değilse zararlı olmaz.
yazılımla mı şaşırdım açıkcası hep heade ekleniyor falan sanıyordum tabi hiç araştırmadım.
evet son söylediğinizde kesinlikle haklısınız =)