route sistemi kurmalısınız. index.php üzerinden mesela diyeceksiniz ki if route[0] (URL kontrolü yapıyorsunuz burada) index ise require theme/tema1/index.php çok basit haliyle anlattım hocam. Mantığı kavramanız için.

RewriteEngine OnRewriteRule ^([a-zA-Z0-9-_/]+)$ index.php [QSA]

bu da htaccess kodunuz olmalı.