Bootstrap üstünden form-control e ait özellikleri alıp kendi css inde ismini ve özelliklerini değiştirip te kullanabilirsin. form-control2 gibi mesela.
o şekilde sağlıklı olacağını düşünmüyorum çünkü örneğin sadece form-control:focus için değişiklik yapacağım.. eğer bu ismi değiştirirsem, form-control ile ilgili tüm kalan özellikleri de bulup ayrıca onları da eklemem gerekir ve fazlasıyla iş çıkarır.