subdomain'den root'u açan bir iframe koyun, eğer referer subdomain ise yazılım açacak, değilse sizin istediğiniz root index'i açacak bir php kodu yazılabilir. yazılım subdomain'de çalışmaz ama subdomainde çalışıyor gibi görülebilir.
Denedim hocam olmadı açıkcası bir arkadaş fikir verdi onu deniyorum umarım olur bakalım.