Komutlarınızı bir bash dosyası haline getirip PHP ile sadece o dosyayı çalıştırmayı denediniz mi? Bash dosyanızda komutları ardı ardına && ile yazarsanız bir komut bitmeden diğerine geçmiyor.
Hocam zaten çalıştırmaya çalıştığım bash komutu da. && bu komutu kullandığımda PHP'de diğer komuta geçmez mi diyorsunuz yani?
echo $ssh->exec("bash /root/setup.sh "); //Burası bitmeden;
echo "<h3> Bitti </h3>" //Buraya geçiyor.