header.php içinde göremiyorsan harici bir eklenti ile yazılıyor olabilir.
Kullandığın tüm eklentileri kapatıp tekrar kontrol et. Teker teker eklentileri aktif ederek kod satırı tekrar çıkana kadar kontrol etmelisin.
Bir de şu an sayfadaki linkleri takip edip indexliyor sadece o sayfayı indexlemiyor. Ana sayfaya özel olarak bir ayar yapmış da olabilir.
Hiçbir şekilde çözümlenmezse harici bir header düzenleyici eklenti kur ve

<meta name="robots" content="all" />

şeklinde düzenlemelisin.