İlla ki etkisi olur hocam. Subdomain farklı bir site olarak algılansa da ana siteyle olan bağlantısı önemli. Örneğin .blogspot.com uzantılı bir blog'dan backlink aldığında direkt Blogger'dan link almış olmazsın ancak ana sayfadan desteklenmiş, subdomain olarak aynı doğrultuda faaliyette bulunan bir siteden alınan backlink etkili olacaktır.